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针灸医学最早见于二千年多前的《黄帝内经》一书。《黄帝内经》说：“藏寒生满病，其治宜灸”，便是指灸术，其中详细描述了九针的形制，并大量记述了针灸的理论与技术。两千多年来针灸疗法一直在中国流行，并传播到了世界。而针灸的出现，则更早。
远古时期，人们偶然被一些尖硬物体，如石头、荆棘等碰撞了身体表面的某个部位，会出现意想不到的疼痛被减轻的现象。古人开始有意识地用一些尖利的石块来刺身体的某些部位或人为地刺破身体使之出血，以减轻疼痛。古书上曾多次提到针刺的原始工具是石针，称为砭石。这种砭石大约出现于距今8000至4000年前的新石器时代，相当于氏族公社制度的后期，人们已掌握了挖制、磨制技术，能够制作出一些比较精致的、适合于刺入身体以治疗疾病的石器，这种石器就是最古老的医疗工具砭石。人们就用“砭石”刺入身体的某一部位治疗疾病。砭石在当时还更常用于外科化脓性感染的切开排脓，所以又被称为针石或 石。《山海经》说：“有石如玉，可以为针”，是关于石针的早期记载。中国在考古中曾发现过砭石实物。可以说，砭石是后世刀针工具的基础和前身。
灸法产生于火的发现和使用之后。在用火的过程中，人们发现身体某部位的病痛经火的烧灼、烘烤而得以缓解或解除，继而学会用兽皮或树皮包裹烧热的石块、砂土进行局部热熨，逐步发展以点燃树枝或干草烘烤来治疗疾病。经过长期的摸索，选择了易燃而具有温通经脉作用的艾叶作为灸治的主要材料，于体表局部进行温热刺激，从而使灸法和针刺一样，成为防病治病的重要方法。由于艾叶具有易于燃烧、气味芳香、资源丰富、易于加工贮藏等特点，因而后来成为了最主要的灸治原料。
“砭而刺之”渐发展为针法，“热而熨之”渐发展为灸法，这就是针灸疗法的前身。
（1）经络学说
经络是什么呢？原来，我国古代劳人民在长期与疾病作斗争的医疗实践中，逐步认识到人体内存在着一些“气血”流行的通道。这个通道被中医称之为经络。它内而脏腑，外而肢节，纵横交错，遍布全身，起到运行气血的重要作用（类似人体的心血管、淋巴管等）。同时，又通过经络的复杂联系，将人体内外表里、上下前后、五脏六腑、四肢百骸、五官九窍、筋脉皮肉各个部分，统一成为一个有机的整体，并与外界环境相适应（类似人体的神经、内分泌）。经络既然有如此重要的作用，当然也是一个十分奥妙、复杂的系统，这个经络系统包括经脉和络脉两大部分，其中经脉是经络系统的主体部分，大而直行，深而在里，又可分为十二经脉和奇经八脉两大类，以及附属于十二经脉的十二经别，十二经筋，十二皮部；络脉是经脉的分支，小而横斜，浅而在表，又可分为较大的十五络脉，以及遍布全身的孙络、浮络。
当人体发生疾病时，阴阳失调，脏腑失和，气血偏盛偏衰，都与经络、穴位有密切关系，只有熟悉了经络的循环分布、生理功能，才能用经络学说说明病理变化，指导辨证归经，进行针灸治疗。
（2）脏腑证治
脏腑，是内脏的总称。古人称为“藏象”，藏，指藏于内，就是内脏；象，是征象或形象，意指内脏生理、病理所表现于外之征象，中医称心、肝、脾、肺、肾为五脏；小肠、胆、胃、大肠、膀脱、三焦为六腑。脏腑学说的特点是以五脏为中心，配合六腑，联系五体、五宫、九窍等，连结成为一个“五脏系统”的整体。其所叙述的脏腑名称虽与西医的脏器相同，但在生理、病理的含义上有很大差别。
脏腑证治是中医各种辩证论治的基础，它是根据脏腑的生理功能、病理表现，结合八纲、病因、经络等理论，通过四诊合参，对疾病的证候进行分析归纳，借以推断病因病机，病变部位及性质、正邪盛衰，以确定所患何证，然后根据证来决定治疗原则和方药。
针灸治病在脏腑证治方面的应用较多，如脏腑、经络之气输注于体表的部位称作腧穴，是针灸施术的部位。腧穴与脏腑密切相关，在疾病情况下，腧穴有反映病痛的功能，一般通路为：邪气→经络系统→脏腑功能失调→表现症状（常在腧穴位置）。治疗时，通过调节经络系统而祛邪安脏。
（3）阴阳五行
阴阳五行是我国古代的一种哲学基本理论，是古人通过长期的生活、生产实践，对自然界观察和认识的总结。是古人用以认识和解释自然界的方法论，古人用五行着重阐述“生化”，阴阳着重阐主“极变”，相当于现代的“量变”和“质变”。它自从被应用到中医学领域之后，便成为脏腑、经络的理论基础，并作为一种认识人体生命过程和疾病过程（即生、老、病、死全过程）的方法论，阐明人体的生理现象、病理变化，指导对疾病的辨证论治。
阴阳理论认为，自然界是物质的，是在阴阳二气的相互作用下发生、发展和变化的。作为自然科学的中医学来说，也就自然而然地吸收了这一朴素的先进的哲学理论。人体是一个统一的整体，不论是生理功能的发挥，还是病理过程的演变，都处于阴阳的变化过程之中，故中医学认为疾病的发生都是阴阳失调的结果。运用针灸治疗疾病，都是以恢复机体阴阳平衡为目的。在针灸临床上常有左右互取以及前后上下对应取穴法，这是阴阳互引的针灸法则，充分体现了针灸疗法重视平衡阴阳的核心思想。
五行理论的基本意义是以自然界五种基本物质代表五种抽象的功能属性，借以反映事物之间相生相克现象及其规律。五行学说对针灸临床有着广泛的指导和重要作用。
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